|  |  | acos(...)acos(x)
 Return the arc cosine (measured in radians) of x.
 add(coords1, coords2)Add one 3-dimensional point to another
 Parameters
 coords1: coordinates of form [x,y,z]
 coords2: coordinates of form [x,y,z]
 Returns
 list:  List of coordinates equal to coords2 + coords1 (list)
 analyzeMap(map, value, list=[])Analyze a map of interactions to determine the overallconnectivity.
 
 Parameters
 map   : A dictionary of lists which contain the connections
 to the key (dictionary)
 value : The key value to analyze (variable)
 
 Returns
 list  : A connectivity list of the map (list)
 
 Example
 Given map {1: [2], 4: [5], 7: [5,9], 9: [14]} list will return
 For 1:  [1,2]
 For 4,5,7,9,14: [4,5,7,9,14]
 For all other X: [X]
 asin(...)asin(x)
 Return the arc sine (measured in radians) of x.
 atan(...)atan(x)
 Return the arc tangent (measured in radians) of x.
 atan2(...)atan2(y, x)
 Return the arc tangent (measured in radians) of y/x.
 Unlike atan(y/x), the signs of both x and y are considered.
 ceil(...)ceil(x)
 Return the ceiling of x as a float.
 This is the smallest integral value >= x.
 cos(...)cos(x)
 Return the cosine of x (measured in radians).
 cosh(...)cosh(x)
 Return the hyperbolic cosine of x.
 cross(coords1, coords2)Find the cross product of two 3-dimensional points
 Parameters
 coords1: coordinates of form [x,y,z]
 coords2: coordinates of form [x,y,z]
 Returns
 list:  Cross product coords2 and coords1 (list)
 distance(coords1, coords2)Calculate the distance between two coordinates, as denoted by
 dist = sqrt((x2- x1)^2 + (y2 - y1)^2 + (z2 - z1)^2))
 
 Parameters
 coords1: Coordinates of form [x,y,z]
 coords2: Coordinates of form [x,y,z]
 Returns
 dist:  Distance between the two coordinates (float)
 dot(coords1, coords2)Find the dot product of two 3-dimensional points
 Parameters
 coords1: coordinates of form [x,y,z]
 coords2: coordinates of form [x,y,z]
 Returns
 value:  Dot product coords2 and coords1 (float)
 exp(...)exp(x)
 Return e raised to the power of x.
 fabs(...)fabs(x)
 Return the absolute value of the float x.
 floor(...)floor(x)
 Return the floor of x as a float.
 This is the largest integral value <= x.
 fmod(...)fmod(x,y)
 Return fmod(x, y), according to platform C.  x % y may differ.
 frexp(...)frexp(x)
 Return the mantissa and exponent of x, as pair (m, e).
 m is a float and e is an int, such that x = m * 2.**e.
 If x is 0, m and e are both 0.  Else 0.5 <= abs(m) < 1.0.
 getDihedral(coords1, coords2, coords3, coords4)Calculate the angle using the four atoms
 Parameters
 coords1: First of four coordinates of form [x,y,z]
 coords2: Second of four
 coords3: Third of four
 coords4: Fourth of four
 Returns
 value: Size of the angle (float)
 getFile(path)Obtain a PDB file.  First check the path given on the commandline - if that file is not available, obtain the file from the
 PDB webserver at http://www.rcsb.org/pdb/ .
 
 Parameters
 path:  Name of PDB file to obtain (string)
 
 Returns
 file:  File object containing PDB file (file object)
 hypot(...)hypot(x,y)
 Return the Euclidean distance, sqrt(x*x + y*y).
 ldexp(...)ldexp(x, i) -> x * (2**i)
 log(...)log(x) -> the natural logarithm (base e) of x.
 log10(...)log10(x) -> the base 10 logarithm of x.
 modf(...)modf(x)
 Return the fractional and integer parts of x.  Both results carry the sign
 of x.  The integer part is returned as a real.
 normalize(coords)Normalize a set of coordinates
 Parameters
 coords: coordinates of form [x,y,z]
 Returns
 list: normalized coordinates (list)
 placeOxygen(CA, C, N)Place an oxygen according to the planar atoms CA, C, and N usinga trans-peptide geometry.  Allows for a more accurate method of
 adding oxygen atoms.
 
 Parameters
 CA:        The coordinates of the CA atom (list)
 C:         The coordinates of the C atom (list)
 N:         The coordinates of the peptide bonded N atom from the
 next residue (list)
 Returns
 location:  The location of the residue (list)
 pow(...)pow(x,y)
 Return x**y (x to the power of y).
 shortestPath(graph, start, end, path=[])Uses recursion to find the shortest path from one node toanother in an unweighted graph.  Adapted from
 http://www.python.org/doc/essays/graphs.html .
 
 Parameters:
 graph: A mapping of the graph to analyze, of the form
 {0: [1,2], 1:[3,4], ...} . Each key has a list
 of edges.
 start: The ID of the key to start the analysis from
 end:   The ID of the key to end the analysis
 path:  Optional argument used during the recursive step
 to keep the current path up to that point
 
 Returns:
 (variable): Returns a list of the shortest path (list)
 Returns None if start and end are not
 connected
 sin(...)sin(x)
 Return the sine of x (measured in radians).
 sinh(...)sinh(x)
 Return the hyperbolic sine of x.
 sqrt(...)sqrt(x)
 Return the square root of x.
 subtract(coords1, coords2)Subtract one 3-dimensional point from another
 Parameters
 coords1: coordinates of form [x,y,z]
 coords2: coordinates of form [x,y,z]
 Returns
 list:  List of coordinates equal to coords1 - coords2 (list)
 tan(...)tan(x)
 Return the tangent of x (measured in radians).
 tanh(...)tanh(x)
 Return the hyperbolic tangent of x.
 |